Он обвинялся в подготовке провизантийского заговора, целью которого было свержение в Италии с помощью византийской армии власти остготов. Сейчас уже трудно с достоверностью говорить о «заговоре сенаторов», так как сохранилось очень мало исторических данных по этому вопросу. Но тогда Боэций с горечью узнал, сколь ненадежными могут быть вчерашние сторонники. От королевского рефендария Киприана поступил донос о тайных письмах, которые якобы отправил императору Восточной Римской империи Юстиниану близкий Боэцию сенатор Альбин. Донос был оглашен на заседании Сената в присутствии короля, но в отсутствие Боэция. За доносом последовал суд «священного консистория», который состоялся не в Равенне, а в Вероне, куда и поспешил Боэций.

Полагаясь на свой авторитет, ученый встал на защиту друга и выступил с заявлением, что донос ложен; а если Альбин виновен, то и он, как глава Сената, тоже может быть обвинен. Однако выступление Боэция только подтвердило подозрения Теодориха в измене подданных, и Киприан после заявления Боэция, «немного поколебавшись», распространил свое обвинение и на него, представив лжесвидетелей. Обоих обвинили в желании восстановить утраченное единство Римской империи и освободить ее от готов. Боэция обвинили еще в оскорблении святынь и даже в занятиях философией, которые и привели его к государственной измене. За философа ходатайствовал только один римлянин — его тесть Симмах, но другие сенаторы побоялись выступить против короля, поддержали выдвинутые против Боэция и Альбина обвинения, и тех взяли под стражу.

Из Вероны философа отправили в заключение в город Тичин (современная Павия). Несколько месяцев перед казнью Боэций провел в крепости Кальвенцано, где и написал свое знаменитое сочинение «Об утешении философией». Высшую истину Боэций ищет за пределами земного существования — в сфере совершенного бытия, от которого все сущее находится в прямой зависимости и которое в то же время является высшим и абсолютным благом.